丹麦高等教育主要由丹麦科学、技术与创新部，丹麦教育部和丹麦文化部负责管理。自2005年实施高等教育改革后，丹麦的高等教育可以分为3个部分: 大学（University）、大学学院（University College）和高等职业教育学院（Academies of Professional Higher Education）。
综合性大学由科学、技术与创新部负责管理，这些大学侧重学术研究，一般开设本科和研究生课程，可以颁发学士（Bachelor）、硕士(Master)和博士(PhD)学位。艺术类院校由文化部负责管理。大学学院等其他教育机构由教育部负责管理。大学学院一般开设学制为3年至4年半不等的专业性本科课程，颁发职业学士学位（Professional Bachelor），专业主要涵盖教师培训、工程、护士、健康、商务以及社会工作等学科。高等职业教育学院开设2年至2年半不等的职业教育课程,或者与大学合作，开设一些本科课程。
丹麦大学本科教育和职业学院的绝大多数专业用丹麦语授课，大学的研究生教育设有英语授课课程。个别大学和职业学院每年也设立用英语授课的专业，招收外国学生，但有名额限制。